Le PNHE organise tous les deux ans, avec l'aide de Roland Triay (CPT), une école pour la formation continue de ses chercheurs. L'école est généraliste mais un accent particulier est mis sur un thème à chaque édition.

A noter qu'en  2017, une école sur le numérique pour l'astrophysique, Astrosim, est organisée à Lyon (26 juin - 7 juillet 2017) en lien avec les programmes nationaux, dont PNHE.